Aníbal Parera es hijo del Teniente Coronel (R) del Ejército Argentino, investigador y escritor de Historia Argentina Aníbal Antonio Fernando Parera y de Noemí Esther Melillo, con dos hermanas Mariel Noemí (1972) y Daniela Lucía (1981). De su unión en matrimonio con Silvia de la Fuente (actualmente divorciado), tiene dos hijos, Aníbal Andrés Parera (1992) y María Agustina (1996). Vive con su actual compañera la Dra. (PhD) zootecnista brasileña Aline Freitas, en Mercedes Corrientes, junto a los hijos de ambos Miguel (2011) y Helena (2014).